일반회계
일반회계는 일반 세입으로 일반적 지출을 담당하는 회계이다. 일반회계는 국가 예산의 근간이 되는 것으로서 일반회계규모, 세입구성내역, 세출우선순위 등은 재정운영방향의 지표가 된다. 통상 예산이라고 하면 이러한 일반회계를 지칭한다. 일반회계 세입은 소득세, 법인세, 부가가치세, 관세 등 국세수입의 대부분과 정부보유주식 매각분, 각종 수수료 등의 세외수입으로 이루어지고 부족할 경우 적자국채를 발행하여 부족분을 보전한다. 일반회계의 세출은 기능별로 사회복지, 교육, 농림수산식품 등 16개 분야로 구분된다. 또 특별회계의 자체 재원이 부족할 경우 특별회계에 대한 전출을 통해 이를 지원하기도 한다.
특별회계
특별회계는 별도의 재원으로 별도의 세출에 충당하는 것으로서 특정사업을 안정적으로 추진할 수 있고 특정사업의 성과와 경영실태를 명백히 할 수 있는 장점이 있다. 반면, 특정 세입을 특정 지출에 국한하여 사용해야 하므로 '재정의 칸막이 현상' 에 따른 재정의 경직성을 심화시키고 유사기능을 서로 다른 회계에서 중복 수행하거나 일반회계와 특별회계, 특별회계 상호간 등 내부거래 증가로 재정활동의 투명성·효율성을 저하시키는 단점도 있다. 이에 대해 국가재정법 제13조(’07년1월 시행)에는 회계·기금간 여유재원을 활용할 수 있는 규정을 두어 재정운영의 경직성을 완화시키고 재정운영의 효율성 증진을 꾀하고 있다.
기금
정부의 재정활동은 주로 일반회계와 특별회계로 구성된 예산에 의해 이루어지고 있다. 그러나 특정한 분야의 사업에 대하여 지속적이고 안정적인 자금지원이 필요하거나 사업추진에 있어서 탄력적인 집행이 필요한 경우에는 예산과 별도로 개별 법률에 근거하여 기금이 설치·운영되고 있다. 기금제도는 '91년 기금관리기본법이 제정된 이후 여러 차례 개정되면서 변화가 있었으며 2007년부터는 기금관리기본법이 폐지되고 국가재정법에서 기금 제도를 규정하고 있다. 2002년에는 공공기금과 기금구분이 폐지되고 금융성 기금을 제외한 모든 기금이 예산과 마찬가지로 국회의 심의ㆍ의결을 받게 되었다. 또한 기금운용 부처의 자율적 운용계획 변경 범위를 주요 항목 지출금액(항)의 50%에서 30%로 축소하였다.